史克威尔艾尼克斯成立于 2003 年 4 月 1 日，由以“最终幻想”闻名的开发商史克威尔与以“勇者斗恶龙”闻名的发行商艾尼克斯合并而成。2005 年它收购了太东，2008 年改为控股公司架构，游戏业务由新的史克威尔艾尼克斯继续经营。 合并后，公司内部的各开发部门先后推出了《王国之心2》《最终幻想12》《最终幻想13》三部曲、《最终幻想 零式》和“水晶编年史”系列，并开发了网络游戏《最终幻想14》和《勇者斗恶龙10》。它也为任天堂开发过《马里奥篮球3对3》等运动游戏，并与 Jupiter、HexaDrive、Virtuos 等工作室合作开发了不少作品。 2010 年代后半起，公司推出了《最终幻想15》《勇者斗恶龙11》《王国之心3》和“勇者斗恶龙 创世小玩家”系列，并以多部曲形式重新演绎《最终幻想7》。2023 年的《最终幻想16》由第三开发事业本部开发。
最终幻想 水晶编年史 2. 最终幻想 水晶编年史 Final Fantasy Crystal Chronicles ★ 8.2 发售：2004-02-09 由 Square Enix 第二开发事业部以 The Game Designers Studio 名义开发，“水晶编年史”系列首作。
4. 王国之心：记忆之链 Kingdom Hearts: Chain of Memories ★ 8.5 发售：2004-11-11 与 Jupiter 共同开发的 GBA 作品，衔接初代与《王国之心2》的剧情。
5. 勇者斗恶龙与最终幻想：富豪街特别版 ドラゴンクエスト&ファイナルファンタジー in いただきストリートSpecial ★ 7.6 发售：2004-12-22 “勇者斗恶龙”与“最终幻想”角色同台的大富翁类棋盘游戏。
15. 最终幻想战略版：狮子战争 Final Fantasy Tactics: The War of the Lions ★ 8.8 发售：2007-05-10 重制 1997 年的《最终幻想战略版》，加入新剧情与过场动画。
最终幻想 水晶编年史：命 17. 最终幻想 水晶编年史：命运之轮 Final Fantasy Crystal Chronicles: Ring of Fates ★ 8.1 发售：2007-08-23 NDS 上的“水晶编年史”作品。
19. 最终幻想战略版A2：封穴的魔法书 Final Fantasy Tactics A2: Grimoire of the Rift ★ 9.2 发售：2007-10-25 《最终幻想战略版Advance》的续作。
最终幻想 水晶编年史：小 20. 最终幻想 水晶编年史：小国王与约束之国 Final Fantasy Crystal Chronicles: My Life as a King 发售：2008-05-12 Wii 上的“水晶编年史”经营模拟作品。
最终幻想 水晶编年史：时 25. 最终幻想 水晶编年史：时之回声 Final Fantasy Crystal Chronicles: Echoes of Time ★ 8.6 发售：2009-01-29 NDS 与 Wii 双平台的“水晶编年史”作品。
黑执事 幻影和幽灵 黒執 26. 黑执事 幻影和幽灵 黒執事 黑执事 幻影和幽灵 黒執事 Phantom ＆ Ghost ファントム アンド ゴースト 发售：2009-03-19 改编自漫画《黑执事》的 NDS 冒险游戏。
最终幻想 水晶编年史：光 27. 最终幻想 水晶编年史：光与暗之公主和征服世界之塔 Final Fantasy Crystal Chronicles: My Life as a Darklord 发售：2009-07-20 《小国王与约束之国》的姊妹作。
最终幻想 水晶编年史：水 28. 最终幻想 水晶编年史：水晶守护者 Final Fantasy Crystal Chronicles: The Crystal Bearers 发售：2009-12-26 Wii 上的“水晶编年史”动作冒险游戏。
生贽之夜/活祭之夜 37. 生贽之夜/活祭之夜 生贽之夜/活祭之夜 イケニエノヨル ★ 7.4 发售：2011-03-24 与 Marvelous Entertainment 共同开发的 Wii 恐怖冒险游戏。
最终幻想15：深海怪物 53. 最终幻想15：深海怪物 MONSTER OF THE DEEP: FINAL FANTASY XV 发售：2017-11-21 以《最终幻想15》世界为背景的 VR 钓鱼游戏。
最终幻想15 口袋版 54. 最终幻想15 口袋版 最终幻想15 口袋版 Final Fantasy XV Pocket Edition ★ 7.1 发售：2018-02-09 与 XPEC Entertainment、SummerTimeStudio 共同开发，以章节形式重新制作的《最终幻想15》。
最终幻想 水晶编年史：复 60. 最终幻想 水晶编年史：复刻版 最终幻想 水晶编年史：复刻版 FINAL FANTASY Crystal Chronicles: Remastered Edition 发售：2020-10-31 2003 年《最终幻想 水晶编年史》的重制版。
王国之心 记忆旋律 61. 王国之心 记忆旋律 王国之心 记忆旋律 KINGDOM HEARTS Melody of Memory ★ 5.9 发售：2020-12-01 与 indieszero 共同开发的“王国之心”音乐节奏游戏。
史克威尔·艾尼克斯AI技 65. 史克威尔·艾尼克斯AI技术预览：港口镇连续杀人事件 史克威尔·艾尼克斯AI技术预览：港口镇连续杀人事件 SQUARE ENIX AI Tech Preview: THE PORTOPIA SERIAL MURDER CASE 发售：2023-04-23 以《港口镇连续杀人事件》为题材的自然语言处理技术演示作品。
70. 最终幻想战略版 伊瓦利斯编年史 最终幻想战略版 伊瓦利斯编年史 Final Fantasy Tactics The Ivalice Chronicles 发售日期待补充 《最终幻想战略版》的重制版。
71. 勇者斗恶龙怪物仙境4：枯木国的碧安卡与芙萝拉 勇者斗恶龙怪物仙境4：枯木国的碧安卡与芙萝拉 DRAGON QUEST MONSTERS: The Withered World 发售：2026-12-03 与 Tose 共同开发的“勇者斗恶龙怪兽篇”作品，已正式公布。